Error Correction in Reads

http://rosalind.info/problems/corr/

ROSALIND | Error Correction in Reads

DNA seq에서 하나의 base에 err가 발생했을때 이를 교정하는 문제이다.

입력된 sequence에서 하나만 있는것은 err가 있는 sequence이고 올바른 sequence는 complementary strand에도 존재할 수 있다고 되어있으므로 일단 모든 err가 있는 sequence를 분리 후 올바른 sequence와 올바른 sequence의 complementary strand를 구한 후 err가 있는 seq들을 올바른 seq에 매칭해야 한다. Base의 삽입, 삭제는 고려하지 않으므로 다른 base의 갯수가 1개인것만 찾으면 된다.

 

from util.read import read_fasta
from util.func_tools import get_complement

seqs = list(map(lambda row: row[1], read_fasta('rosalind_corr.txt')))
seqs_with_complements = seqs + list(map(lambda seq: get_complement(seq), seqs))
err_seqs = list(filter(lambda seq: seqs_with_complements.count(seq) == 1, seqs))
correct_seqs = list(filter(lambda seq: seqs_with_complements.count(seq) > 1, seqs_with_complements))
corrected_seqs = list(map(lambda err_seq: list(filter(lambda seq: list(map(lambda base_match: base_match[0] == base_match[1], zip(err_seq, seq))).count(False) == 1, correct_seqs))[0], err_seqs))

print('\n'.join(map(lambda correction: '->'.join(correction), zip(err_seqs, corrected_seqs))))

대충 짜다보니 corrected_seqs, 즉 err seq에 매칭되는 올바른 seq를 찾는 코드를 한줄에 몰아넣어서 보기가 좀 힘들지만 위에 천천히 보면 이해가 될것이다.