Finding a Spliced Motif

 

http://rosalind.info/problems/sseq/

ROSALIND | Finding a Spliced Motif

Bioinformatics Contest 2017의 Qualification Round 3와 사실상 비슷한 문제이다.

관련 포스팅은 https://rafe.tistory.com/11를 보면 된다.

Qualification Round. Problem 3 Introns Detection

 

from util.read import read_fasta

seqs = list(map(lambda row: row[1], read_fasta('rosalind_sseq.txt')))

seq = seqs[0]
sub_seq = seqs[1]

idxs = []

cur_idx = 0
for sub_base in sub_seq:
    while seq[cur_idx] != sub_base:
        cur_idx += 1
    idxs.append(cur_idx + 1)
    cur_idx += 1

print(' '.join(map(lambda idx: str(idx), idxs)))

코드가 간단하니 설명은 생략하겠다.